У разі зараження плода під час вагітності (але не під час пологів) можливий розвиток вродженої цитомегаловірусної інфекції. Остання призводить до важких захворювань і уражень центральної нервової системи (відставання в розумовому розвитку, затримка росту, мікроцефалія, збільшення селезінки і печінки, глухуватість). Вроджена цитомегаловірусна інфекція спостерігається майже виключно у дітей, матері яких під час вагітності вперше заразились цитомегаловірусом.
Загибель дитини можлива, але вірогідність цього визначається дуже багатьма причинами.